João Antônio era estudante de Letras na FFLCH-USP em 1967. Sua vivência política se deu logo no início da universidade. Ele participou dos movimentos estudantis, foi diretor do centro acadêmico da Filosofia e militou na ALN (Aliança Nacional Libertadora).
Em outubro de 1967, João Antônio foi detido pelo DOPS da capital paulista e indiciado por “terrorismo” por suas falas e organizações no Centro Acadêmico da Faculdade de Filosofia. Entretanto, no mesmo mês foi solto graças a um habeas corpus, direito que só fora concedido pois sua prisão ocorreu um ano antes da implementação do AI-5 (Ato Institucional nº5).